Фамилия Проскуненкова — это женская форма, а мужская, Проскуненков, образована по стандартной русской модели отчества или прозвища. В основе фамилии лежит прозвище или мирское имя Проскун, Проскуня, которое, скорее всего, связано с диалектным словом «проскура» (или «просфора»). Так в церковном обиходе называют небольшой круглый хлебец, используемый в литургии. Соответственно, Проскуненков — это потомок человека, имевшего отношение к выпечке просфор: просвирника (просвирни), то есть церковного служителя или пекаря, который готовил хлеб для причастия.

Суффикс «-енков» в фамилии — характерная черта южнорусских и восточноукраинских фамилий. Если бы фамилия образовалась в центральной или северной России, она, вероятно, звучала бы как Проскурин или Проскурников. Форма на «-енков» (от «-енко») говорит о том, что предки носителя фамилии жили на территории, где в XVI–XVII веках активно расселялись выходцы с Украины и южных русских земель (Белгородская, Курская, Воронежская губернии). Фамилия буквально означает «сын Проскуна», то есть указывает на родство по мужской линии.

Встречаются и более редкие версии. Например, в некоторых говорах слово «проскун» могло означать «простак», «недалекий человек», но это толкование менее вероятно — оно основано на случайном созвучии, а не на устойчивой традиции имянаречения. Основная версия, связывающая фамилию с просфорой, подкрепляется и тем, что в русской ономастике существует множество однокоренных фамилий: Проскуряков, Проскурников, Проскурин. Фамилия Проскуненкова стоит в этом ряду особняком именно из-за своего уменьшительного суффикса «-енк-», который придаёт ей неформальный, «домашний» оттенок — предка, скорее всего, звали не «Проскур», а ласково «Проскуня».

Известных носителей фамилии в публичном поле немного, что говорит о её относительной редкости и локальном бытовании. Скорее всего, большинство Проскуненковых и сегодня живут в чернозёмной полосе России или в восточных областях Украины. Фамилия не дворянская, не купеческая — она из среды церковнослужителей или крестьян, обслуживавших храм.