Фамилия Прудчиков образована от прозвища или именования Прудчик — человека, жившего у пруда или следившего за ним. Основа здесь прозрачна: «пруд» плюс уменьшительный суффикс -чик, который в данном случае указывает либо на небольшой размер объекта (маленький пруд), либо на профессию (прудчик — тот, кто роет или чистит пруды, смотрит за ними). В русских говорах слово «прудчик» действительно фиксировалось в значении «владелец пруда» или «работник при пруде», особенно в рыболовных и мельничных хозяйствах.

Суффикс -ов в окончании фамилии — стандартный патронимический показатель, означающий «сын Прудчика» или «принадлежащий Прудчику». Модель образования типична для русских фамилий XIX века: прозвище на -чик + -ов. Аналогично возникли, например, Ключников (от ключник) или Садовников (от садовник), но Прудчиков стоит особняком, потому что исходное слово реже встречается в документах. В отличие от фамилии Прудов или Прудников, где основа напрямую связана с прудом, Прудчиков несёт оттенок конкретного занятия или малого объекта — это сужает круг возможных предков до людей, которые либо жили у небольшого пруда, либо обслуживали его.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южным регионам России, где пруды были распространены как часть усадебного хозяйства. В переписях XIX века Прудчиковы встречаются в Тульской, Рязанской, Тамбовской губерниях — областях с развитым прудовым рыболовством и водяными мельницами. Встречаются также варианты написания через «т» (Прутчиков), что связано с диалектным произношением: в некоторых говорах «д» перед «ч» оглушается.

Спорных версий происхождения практически нет. Корень настолько ясен, что притягивать иноязычные или библейские трактовки не имеет смысла. Единственное, что можно обсуждать, — не перешло ли прозвище на человека, который просто жил у пруда, а не работал при нём. Но суффикс -чик в русских прозвищах чаще указывает на действие или профессию, чем на место жительства. Поэтому правдоподобнее версия, что первый носитель фамилии был прудчиком — мастером по прудам, а не просто соседом водоёма.