Фамилия Прудьева образована от прозвища или имени Прудь, а тот корень, в свою очередь, связан с диалектным словом «пруд». В южных и западных говорах «прудом» могли называть не только искусственный водоём, но и запруду на реке, мельничную плотину или даже топкое место. Человек, живший у такого сооружения или следивший за ним, получал прозвище Прудь. Иногда так называли владельца пруда или мельника.

Суффикс «-ев» указывает на принадлежность: Прудьев — сын Прудя. Это типичная патронимическая модель для фамилий, образованных от основ на мягкий согласный. Важно, что ударение в фамилии Прудьева падает на первый слог, что сохраняет исходное произношение прозвища, а не книжное «прудовой».

Географически фамилия тяготеет к регионам, где пруды играли хозяйственную роль: Центральная Россия, Поволжье, Украина. Встречаются варианты Прудов, Прудовский, но Прудьев — более редкая форма, возникшая, скорее всего, в устной речи, а не при канцелярском оформлении. В списках однодворцев и крестьян XVIII–XIX веков такая фамилия фиксируется в Тамбовской и Рязанской губерниях.

Спорных версий происхождения немного. Иногда основу связывают с церковным именем Пруд (от лат. prudens — «благоразумный»), но это имя встречалось в святцах крайне редко и в народной среде почти не прижилось. Куда правдоподобнее бытовая, «географическая» версия: предок носителя Прудьева был человеком, неразрывно связанным с прудом — либо строил его, либо жил рядом.