Фамилия Пруссовская образована по одной из самых распространённых моделей в польской и западнорусской ономастике: от названия местности с помощью суффикса -ский/-цкий. В основе лежит топоним Пруссы или Прусово. Таких сёл и хуторов немало на территории бывшей Речи Посполитой — в современной Беларуси, на Украине и в восточной Польше. Житель такого села получал прозвание «Пруссовский», а его потомки закрепили фамилию в форме женского рода — Пруссовская.

Корень «прусс-» прямо указывает на этноним «пруссы». В историческом контексте это не жители Пруссии как немецкого государства, а балтское племя пруссов, населявшее южное побережье Балтики до XIII века. Однако в фамилии Пруссовская этническая связь почти наверняка вторична: прозвище «Прусс» или «Прус» давали человеку, который пришёл из мест, где жили или жили пруссы, либо торговал с ними, либо просто чем-то напоминал — например, светлыми волосами или упрямым нравом. От такого прозвища и пошло название деревни, а от неё — фамилия.

Суффикс -ск- в этой фамилии — типично шляхетский, дворянский. В Речи Посполитой фамилии на -ский носили в основном землевладельцы, владевшие поместьем, от которого и брали фамилию. Поэтому Пруссовская — почти наверняка фамилия польского или ополяченного литовско-белорусского происхождения, принадлежавшая мелкой или средней шляхте. После разделов Польши такие фамилии вошли в обиход и у крестьян, но изначальный социальный маркер остался.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые в русской среде часто указывали на отчество или профессию, Пруссовская — «географическая» фамилия. Она отвечает на вопрос «откуда?», а не «чей сын?» или «кто по ремеслу?». Редкость фамилии объясняется тем, что она привязана к конкретному, небольшому родовому гнезду: носители, скорее всего, происходят из одного или нескольких соседних сёл.

Встречается также вариант Прусовская — с одной буквой «с» в корне. Это упрощение, возникшее при записи фамилии в российских метрических книгах XIX века, где польское двойное «ss» нередко передавали одиночным. Но исходная форма с двумя «с» — Пруссовская — точнее отражает и корень, и польскую орфографическую традицию.