Фамилия Прутиян — яркий пример того, как географическое название становится родовым именем. Её основа, скорее всего, связана с рекой Прут, одной из крупнейших в Восточной Европе. Прут протекает по территории современной Украины, Молдовы и Румынии, и в прошлом был важной водной артерией. Человек, живший на его берегах или переселившийся оттуда, мог получить прозвище Прут, а его потомки — фамилию Прутиян.

Словообразовательная модель здесь типична для многих фамилий армянского происхождения, хотя носители могут быть и не армянами. Суффикс -ян (или -янц) в армянском языке указывает на принадлежность к роду, происхождение от предка. Таким образом, Прутиян буквально означает «из рода Прута» или «потомок того, кто с Прута». В русской среде аналогичную функцию выполняли бы фамилии на -ов или -ин, например, Прутов или Прутин, но армянская модель сохранила свою форму.

Встречается и вариант написания с двумя «т» — Пруттиян. Он может указывать на более позднюю русификацию или на то, что в основе лежало не просто название реки, а конкретное прозвище Пруттий, которое также образовано от гидронима. В ономастике известны случаи, когда фамилии на -ян фиксировали не только географическое происхождение, но и прозвище, данное по характерной черте или занятию, но в случае с Прутиян связь с рекой Прут остаётся самой убедительной и документально подтверждаемой версией.

Социальный контекст фамилии неоднороден. В среде армянских переселенцев, оседавших в Бессарабии и на юге Российской империи в XVIII–XIX веках, фамилии на -ян были распространены среди ремесленников, купцов и крестьян. Поэтому предки носителя фамилии Прутиян могли быть как торговцами, так и земледельцами, но их объединяла одна черта — память о месте, откуда пошёл род.