Фамилия Прутовая — редкий случай, когда географическое название почти наверняка перешло в фамилию напрямую, без промежуточного прозвища. Основа здесь — река Прут, левый приток Дуная, протекающий по границе Украины, Молдавии и Румынии. Суффикс -ов- в женском роде (-ая) указывает на принадлежность: Прутовая — буквально «с Прута» или «прутская». Мужской вариант, Прутов, встречается чаще, но женская форма закрепилась как самостоятельная фамилия, что бывает не так уж часто.

Такая фамилия могла возникнуть у выходца с берегов Прута — переселенца, беженца или человека, чья семья долго жила в тех краях. В XVIII–XIX веках, после русско-турецких войн, вдоль Прута селили отставных солдат и казаков, а также крестьян из центральных губерний. Фамилию могли дать при переписи по месту прежнего жительства: «Прутовый» — то есть тот, кто пришёл с Прута. Менее вероятна, но возможна связь со старым русским словом «прут» (ветка, пруток), но тогда фамилия звучала бы как Прутков или Пруткин — суффикс -ов-ая для прозвища по предмету нехарактерен.

С точки зрения словообразования, фамилия Прутовая стоит в ряду таких же «речных» фамилий, как Волгин, Донской, Уралов, Иртышов. Но если Волгин или Донской встречаются повсеместно, то Прутовая — локальная, южная фамилия. Её носители, скорее всего, имеют корни в Бессарабии, на юге Украины или в казачьих областях. В дворянских родословных книгах эта фамилия не фиксируется — это крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в народной среде.

В написании важно помнить: фамилия происходит от названия реки, поэтому пишется через «у» (Прут, а не Пруд). Встречающийся изредка вариант «Прудовая» — результат народной этимологии, когда незнакомое слово подгоняли под привычный «пруд». Но исторически верное написание — именно Прутовая.