Фамилия Прутова образована от прозвища Прут. По одной из версий, оно ведет свое начало от гидронима Прут — река в Украине, Молдавии и Румынии, левый приток Дуная. У Геродота (V век до н.э.) этот гидроним упоминается со значением «брод». Другие исследователи, поддерживая иранское происхождение названия, предлагают иную основу — со значением «брызжущая, бьющая ключом». Река Прут весьма знаменита со времен русско-турецкой войны 1710-1713 годов, когда царь Петр предпринял неудачный Прутский поход, завершившийся для него подписанием Прутского мира в 1711 году. Вероятно, родоначальник Прутовых родился или жил на берегу реки Прут. Согласно другой гипотезе, основой для прозвища послужило нарицательное «прут» - «голая древесная ветвь», «розга», «цельный, долгий мешочек икры», «выдранная, свитая и засушенная связка из рыбы». В этом случае прозвище Прут относится к так называемым «профессиональным» именованиям, содержащим указание на род деятельности предка: он мог быть пастухом, погонщиком, либо рыбаком. В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Прут, со временем получил фамилию Прутова.