Фамилия Прутовых восходит к нарицательному «прут», которое имеет несколько значений: «голая древесная ветвь», «розга», «цельный, долгий мешочек икры», «выдранная, свитая и засушенная вязига изо всей рыбы». Таким образом, прозвище Прут мог получить строгий родитель, поровший своих детей розгами, либо тот, кто вялит и сушит красную рыбу, т.е. делает из нее прутья. Суффикс –ых характерен для фамилий русского севера. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Прут, со временем получил фамилию Прутовых.