Фамилия Прутенко — украинская по модели образования. Суффикс -енко, один из самых распространённых в украинской ономастике, указывает на происхождение по отцу: Прутенко — это «сын Прута» или «сын Прутенка». Но чтобы понять, что скрывается за основой, нужно разобраться с самим словом «Прут».

Самая очевидная версия — связь с рекой Прут, которая протекает на западе Украины (в частности, в Черновицкой области) и дальше по границе с Румынией. В этом случае прозвище Прут или Прутенко мог получить человек, живший на берегах этой реки, а ещё вероятнее — переселенец с берегов Прута. Когда люди переезжали в другие регионы (например, во времена заселения Слобожанщины или Кубани), их нередко называли по прежнему месту жительства. Фамилия Прутенко, скорее всего, закрепилась именно за таким переселенцем или за его потомками.

Есть и другая, более прозаичная версия. В украинских говорах «прут» — это не только река, но и хворостина, тонкий гибкий прут. Прозвище Прут могло достаться человеку высокому и худому, как прут, или же тому, кто занимался плетением корзин, изготовлением лозовых изделий. В этом случае Прутенко — сын человека по прозвищу Прут. Оба варианта возможны, но географический (от реки Прут) кажется более цельным: река дала название целому региону (Покутье, Буковина), и прозвище по ней было естественным для жителей тех мест.

Интересно, что фамилия Прутенко не встречается массово по всей Украине, а имеет довольно чёткую привязку к западным и центральным областям. Это косвенно подтверждает версию о переселенческом происхождении: фамилия не разошлась широко, а осталась в тех районах, куда пришли люди с Прута. В России носители Прутенко — это, как правило, потомки украинских переселенцев, в том числе казаков, которые в XVIII–XIX веках осваивали земли Кубани и Дона.

С точки зрения истории, Прутенко — фамилия не древняя, а скорее поздняя, оформившаяся в XVII–XVIII веках, когда суффикс -енко уже вытеснял старые патронимы на -ов/-ев в украинской среде. Она не относится к дворянским или старшинским — скорее к крестьянским и казачьим. Носитель такой фамилии в прошлом — это либо ремесленник-лозоплёт, либо, что вероятнее, переселенец с берегов Прута, основавший свой род на новом месте.