Фамилия Прутко оставляет пространство для догадок, и это как раз тот случай, когда стоит начать с географии, а не с корня. В украинской и белорусской ономастике фамилии на -ко — одна из самых массовых моделей, и Прутко вписывается в этот ряд идеально. Суффикс -ко в XVI–XVII веках был типичен для прозвищ и именований, особенно на землях Речи Посполитой, и часто указывал на молодого человека или слугу: скажем, Прутко — это «малый Прут» или «сын Прута».

Самая прямая версия — прозвище Прут. В славянских говорах «прут» означало тонкую ветку, розгу, а в переносном смысле — человека высокого и худого, «длинного, как прут». В некоторых диалектах «пруткий» — быстрый, проворный, так что прозвище могло относиться к юркому, подвижному человеку. В словаре В. Даля зафиксировано и слово «прутко» как наречие со значением «быстро, резво» — возможно, основа напрямую связана с этой характеристикой поведения.

Менее очевидный, но возможный вариант — связь с гидронимом Прут, рекой, протекающей по современной Украине, Молдове и Румынии. Выходцы с берегов Прута могли получить прозвище Прут, а его уменьшительная форма Прутко закрепилась как фамилия. Однако эта версия менее вероятна: фамилии от названий рек чаще образуются с суффиксом -ский (Прутский, Пруцкий), а не с -ко.

С точки зрения словообразования, Прутко — это типичное украинское или белорусское патронимическое или прозвищное образование, где основа (Прут) и суффикс (-ко) работают как единый маркер принадлежности. Фамилия недвусмысленно указывает на крестьянское или казачье происхождение: в среде ремесленников и земледельцев такие именования были обычны, а дворянство чаще носило фамилии на -ов/-ев или -ский.

В современной России фамилия Прутко встречается редко, но её следы можно найти в южных областях (Краснодарский край, Ростовская область) и на Украине. Споров вокруг этимологии почти нет: все версии сходятся к прозвищу по внешности или характеру, и это делает фамилию прозрачной для понимания, хотя и не слишком распространённой.