Фамилия Прутских — один из образцов севернорусской модели фамилий на -ских, которая характерна для Вологодской, Архангельской, Костромской и ряда соседних областей. В отличие от центральной России, где преобладали фамилии на -ов/-ев, на Русском Севере и в Сибири прижились формы на -ский, -цкий, -их, -ых, и Прутских — типичный представитель этой группы. Суффикс -ских указывает на принадлежность к месту или роду: буквально «из Прутских», то есть из тех, кто связан с Прутом или Прутью.

Основа фамилии — топоним Прут. Самый известный — река Прут, протекающая на юго-западе Украины, в Молдове и Румынии. Однако маловероятно, что крестьяне с Русского Севера получили фамилию от этой далёкой реки. Гораздо правдоподобнее, что в основе лежит местное название — речка, ручей или овраг Прут, Пруть, Прутка. Такие гидронимы встречаются в бассейне Северной Двины и Вятки: Прут, Прутик, Прутовка. Слово «прут» в древнерусском означало «побег, ветка», а в переносном смысле — «узкий водный поток, протока». Человек, живший у такого ручья, получал прозвище Прут, а его потомки становились Прутскими.

Есть и другая, менее вероятная версия: прозвище Прут могли дать человеку за худобу и высокий рост — «длинный, как прут». Но для фамилии, оформленной суффиксом -ских, географическая привязка типичнее. Прозвища на -ских обычно указывали на «выходца из»: если бы фамилия произошла от личного прозвища, скорее появилась бы форма Прутов или Пруткин.

В дореволюционных переписях носители фамилии Прутских фиксируются в основном в Вологодской губернии, особенно в Великоустюжском уезде. Встречается также вариант Пруцких — с упрощением сочетания «тс» на письме, что характерно для северных говоров. Таким образом, предки современных Прутских, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми, жившими на берегу небольшой речки Прут в Заволочье.