Фамилия Прутовы (в мужском варианте — Прутов) произошла от прозвища Прут. Это одна из тех фамилий, где за короткой основой скрывается сразу несколько разных историй, и какая из них верна для конкретной семьи — уже не установить, но можно разобрать все версии.

Самая известная версия связывает прозвище с рекой Прут — левым притоком Дуная, протекающим по территории современной Украины, Молдавии и Румынии. Название реки древнее: его упоминал ещё Геродот в V веке до н.э., и, по одной из трактовок, оно означало «брод». Другие исследователи, соглашаясь с иранским происхождением гидронима, предлагают значение «брызжущая, бьющая ключом». Река Прут хорошо знакома по русской истории: неудачный Прутский поход Петра I в 1711 году закончился подписанием Прутского мира. Если предок Прутовых жил на берегах этой реки или был выходцем оттуда, его вполне могли прозвать Прутом — по месту жительства или рождения.

Однако есть и другая, не менее правдоподобная гипотеза, которая отталкивается не от географии, а от обычного нарицательного слова «прут». В русском языке у него несколько значений: голая древесная ветвь, розга, а также цельный долгий мешочек икры или выдранная, свитая и засушенная связка рыбы. В этом случае прозвище Прут носило профессиональный характер: так могли назвать пастуха, погонщика скота (который пользовался прутом-хворостиной) или рыбака, промышлявшего вязкой рыбы. Обе версии имеют право на существование, и, скорее всего, в разных семьях фамилия возникла независимо от разных основ — это типичная ситуация для русских ономастиконов.

Словообразовательная модель простая: к основе Прут добавили типичный русский суффикс -ов, который указывал на принадлежность роду. Первоначально Прутов — это «сын Прута», то есть потомок человека с таким прозвищем. Фамилия относится к распространённому типу русских фамилий, образованных от личных прозвищ, и не имеет отношения к дворянским титулам или церковным именам.

Точное время и место возникновения фамилии назвать сложно: процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, и в разных регионах он шёл с разной скоростью. Понятно лишь, что фамилия Прутов — это памятник живой народной речи, в котором соединились и древний гидроним, и бытовое слово, и профессиональное прозвище.