Фамилию Прутян чаще всего связывают с рекой Прут, протекающей по территории современной Украины, Молдовы и Румынии. В пользу этой версии говорит и географическая привязка: в исторических документах и справочниках фамилия Прутян встречается преимущественно на юго-западе Российской империи, в Бессарабии и Молдавии. Скорее всего, предок получил прозвище Прут (или Прутян) по месту жительства — на берегах этой реки или в регионе, который называли Прутьем.

Морфологически фамилия образована с помощью суффикса -ян, который в южнорусских, украинских и молдавских говорах выполнял ту же роль, что и более распространённый -ов/-ев: указывал на принадлежность или происхождение (ср. Попеску — сын попа, Прутян — человек с Прута). В русской ономастике такая модель встречается реже, чем в румынской или армянской, но для фамилий, возникших на границе славянского и романского миров, она характерна. Суффикс -ян здесь не обязательно указывает на армянские корни, хотя полностью исключать этого нельзя: в некоторых случаях Прутян могло быть русифицированной формой армянской фамилии, где основа означала не реку, а личное имя или прозвище.

Вторая, менее вероятная версия отталкивается от диалектного слова «прут» в значении «прут, хлыст, розга». В этом случае прозвище Прут могли дать либо высокому и худощавому человеку, либо тому, кто часто наказывал детей или подчинённых. Однако суффикс -ян в таком контексте выглядит неестественно для русского словообразования — скорее, мы бы получили фамилию Прутов или Прутин. Поэтому географическая гипотеза остаётся основной.

Фамилия Прутян не относится к числу распространённых в России: по данным современных баз, её носители сосредоточены в основном в Молдове, на юге Украины и среди потомков бессарабских переселенцев в Сибири. В дворянских родословных книгах она не значится, что указывает на крестьянское или мещанское происхождение большинства ветвей.