Фамилия Прутяной — редкий пример образования от географического названия через суффикс -ян(ой), который в русских фамилиях встречается нечасто. В отличие от массовых -ов и -ин, эта модель указывает на принадлежность к местности, но не через отчество, а через характеристику: «Прутяной» буквально значит «тот, кто с Прута» или «живущий на Пруте».

Сам корень — гидроним Прут, река, протекающая по территории современной Украины, Молдовы и Румынии. В истории эта река известна как граница между различными государствами и место военных походов. Фамилия могла закрепиться за выходцами с берегов Прута — переселенцами, которые перебрались в центральные или южные регионы Российской империи, и их прозвали по месту прежнего жительства. Суффикс -ян(ой) в таком значении характерен для южнорусских и украинских говоров: ср. «донской», «кубанской», но в фамилиях он редок, чаще встречается форма «Прутский» или «Прутов».

Вторая, менее вероятная версия — от прозвища «Прутяной» по материалу: прут, прутяной (сделанный из прутьев). В этом случае фамилия могла принадлежать ремесленнику, например, корзинщику или плетельщику изгородей. Но против этого говорит типичное для таких прозвищ окончание -ов или -ев (Прутов, Прутев), а не -яной. Географическая версия выглядит убедительнее.

Встречаемость фамилии крайне низкая. В современных базах данных она фиксируется единичными носителями, преимущественно на юге России и в восточной Украине. Это не случайно: Прут — не самый частый топоним для фамилии, а суффикс -ян(ой) не получил широкого распространения в русской ономастике. Носители фамилии Прутяной, скорее всего, потомки переселенцев XIX века из Бессарабии или Подолья, где река Прут была естественным рубежом.

С точки зрения словообразования, фамилия стоит особняком: она не вписывается ни в типичную дворянскую модель на -ский, ни в крестьянскую на -ов, а представляет собой редкий адъективный тип, который в быту мог звучать как прилагательное-характеристика («он прутяной»). Такие фамилии часто искажались при записи в документах, поэтому не исключено, что изначально она могла выглядеть как Прутский или Прутенко, но закрепилась именно в этой форме.