Фамилия Пруткий — редкий случай в русской ономастике, где суффикс -к- стоит не после корня, а прямо примыкает к основе, образуя прилагательное. Чаще всего такие фамилии (Короткий, Сладкий, Резкий) происходят от прозвищ, характеризующих внешность или характер. Пруткий — не исключение: слово «пруткий» в диалектах означало «быстрый, проворный, резвый» (от глагола «прутить» — спешить, бежать). Прозвище Пруткой могли дать человеку подвижному, расторопному, либо тому, кто работал скоро и ловко.

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с топонимом. Названия рек Прут (в Молдавии и на Украине) и Прутка (притоки в бассейне Днепра) могли дать прозвище выходцу с этих мест: Прутчанин или Прутский. Однако фамилия Пруткий (с суффиксом -к-, а не -ск-) указывает скорее на качество, а не на географическое происхождение. Форма на -ий закрепилась в северных и центральных говорах, где прилагательные в фамилиях нередко переходили в разряд родовых имен.

Встречается Пруткий в основном в старообрядческой среде: документально зафиксирована в Вятской губернии (села Котельничского уезда) и на Урале. Там же бытовали однокоренные фамилии Прутков и Прутко — от того же прозвища, но с разными суффиксами. Сословно носители чаще всего — крестьяне и мещане; дворянских родов Прутких в «Бархатной книге» и «Общем гербовнике» нет.