Фамилия Пруткая — женская форма, а мужская, Пруткий, встречается редко. В основе, скорее всего, не река Прут, как может показаться на первый взгляд, а совсем другое слово. Река Прут дала бы фамилию Прутский, с суффиксом -ск-, указывающим на принадлежность к местности. Здесь же суффикс -к-, типичный для прозвищ и прилагательных, образованных от нарицательных слов.

Самое вероятное объяснение — от слова «пруткий». В русских говорах так называли гибкий, упругий прут, а в переносном смысле — быстрого, проворного, резвого человека. В словаре Даля «пруткий» значит «проворный, бойкий, расторопный». Прозвище Пруткой могли дать подвижному, верткому человеку, который всё делал быстро и ловко. Суффикс -к- в таких прозвищах — обычное дело: сравните фамилии Верткин, Бойкий, Резвый.

Вторая версия, менее распространённая, связывает фамилию с украинским или белорусским «пруткий» в значении «прямой, стройный, как прут». Тогда прозвище могло относиться к осанке или худощавому телосложению. Третья, совсем редкая возможность — происхождение от названия населённого пункта вроде Прутки или Пруткое, но такие топонимы встречаются нечасто и обычно тоже восходят к тому же корню.

Фамилия Пруткая — пример того, как за простым, почти прозрачным на первый взгляд словом скрывается не географическое, а характеризующее прозвище. Предок носителя этой фамилии был, по всей видимости, человеком быстрым и ловким, или же отличался прямой, стройной фигурой.