Фамилия Прутков — одна из тех, что образована от прозвища или профессии, а не от крестильного имени. Её основа — слово «прут». В древнерусском языке «прут» означал тонкую ветку, хворостину, а в переносном смысле — «прут» как орудие телесного наказания. Поэтому первая и самая прямая версия: Прутков — потомок человека, которого прозвали Прутком. Прозвище могли дать либо за худобу и долговязость («длинный, как прут»), либо за строгий нрав, склонность наказывать, либо за ремесло — например, плетением корзин из прутьев занимались многие крестьяне.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: «чей?» — Прутков, то есть сын Прутка. Фамилия эта старомосковского, центрально-русского типа, хотя встречается и на севере, и в Поволжье. В документах XVII–XVIII веков упоминаются крестьяне и посадские люди с таким прозвищем, но в дворянские роды Прутковы не входили — фамилия оставалась крестьянской и мещанской.

Есть и вторая, менее очевидная версия. В некоторых говорах «прутком» называли не только ветку, но и небольшой ручей, протоку — от диалектного «прут» в значении «струя», «течение». Тогда фамилия могла закрепиться за живущим у такого ручья. Однако эта гипотеза слабее: прозвище по реке или ручью обычно давали в форме Прутов или Пруткин, а Прутков плотнее связан с личным прозвищем.

Благодаря Козьме Пруткову — коллективному литературному псевдониму братьев Жемчужниковых и Алексея Толстого — фамилия стала широко известна. Но реальные Прутковы существовали задолго до выдуманного поэта. В XIX веке носители фамилии фиксируются в Тверской, Ярославской, Костромской губерниях — преимущественно среди государственных крестьян. Никакого отношения к знаменитому афористу они не имели: Козьма Прутков — чистая литература, а живые Прутковы — это плотники, корзинщики, землепашцы.