Фамилия Пруткие (в исходной форме — Пруткой) образована от личного прозвища Пруткой, которое восходит к прилагательному «пруткий» — «скорый, проворный, быстрый». Так на Руси могли прозвать быстроногого, расторопного или, напротив, суетливого человека. В этом случае фамилия указывает на характер предка: он был либо энергичным и деятельным, либо тем, кого окружающие считали слишком торопливым.

Прозвище Пруткой, изначально присоединенное к наследственному имени, со временем полностью заменило его — как в повседневной жизни, так и в официальных документах. Это распространенная модель: на определенном этапе истории прозвище становилось основой для фамилии, закрепляясь за потомками. Форма Пруткие — это, скорее всего, позднее бытование фамилии во множественном числе, типичное для украинской или южнорусской традиции, где фамилией нередко называли весь род: «Пруткие» — то есть «семья Пруткого».

Слово «пруткий» родственно глаголу «прудить» в значении «течь, литься» (отсюда же «пруд» — запруженная вода), а также «прыткий» — с тем же корнем и смыслом «быстрый, резвый». В говорах встречались и однокоренные прозвища, например Прут, Прутик, которые могли давать человеку за стремительность или за манеру двигаться. Однако именно форма с суффиксом -к- (Пруткой) подчеркивает качество, а не предмет, что делает версию о характере предка наиболее правдоподобной.

О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно: процесс формирования фамилий у славян растянулся на несколько столетий, и документальные свидетельства по конкретным родам часто отсутствуют. Тем не менее, фамилия Пруткие — это живой памятник славянской письменности и культуры, сохранивший в себе древнее слово, которое сегодня почти вышло из употребления.