Фамилия Пруткина — женская форма, а мужская — Пруткин. В её основе лежит слово «пруток». Это не уменьшительное от «прут» в значении «ветка» или «стержень», а, скорее всего, профессиональное прозвище. В ремесленной среде прутком называли заготовку из металла — узкую полосу или стержень, который кузнецы или слесари раскаляли, гнули и ковали. Человек, работавший с такими заготовками, мог получить прозвище Пруток, а его потомки — фамилию Пруткины.

Модель образования простая: основа «прутк-» плюс типичный русский суффикс принадлежности «-ин», указывающий на родство: «чей?» — «Пруткин», то есть сын или внук Прутка. Интересно, что в говорах русского севера и Урала «пруток» могло означать ещё и тонкий длинный предмет, например, прут для вязания веников или даже часть ткацкого станка. Поэтому в разных регионах прозвище могло закрепиться за разными мастерами: кузнецом, плотником или ткачом.

В отличие от фамилий на «-ов» (Прутков), форма на «-ин» чаще встречалась в северных и центральных губерниях России, а также в среде крестьян и мещан. Пруткины не относились к дворянству — это фамилия трудового люда, чьё ремесло было на виду у всей округи. Географически фамилия редкая, встречается в основном в Поволжье и на Урале, что косвенно подтверждает связь с металлообработкой — промыслом, развитым в этих краях.

Стоит отличать Пруткиных от однокоренных Прутковых. Фамилия Прутков стала знаменита благодаря литературному персонажу Козьме Пруткову, но это искусственный псевдоним, придуманный братьями Жемчужниковыми и Алексеем Толстым. Пруткины же — реальная фамилия, и её носители, скорее всего, потомки кузнецов или ремесленников, умевших обращаться с металлическим прутком.