Фамилию Прутников стоит разбирать не с ходового «прут», а с менее очевидного, но более вероятного корня. В основе почти наверняка лежит не название прута (ветки), а слово «прут» в значении «шест, жердь» или, что важнее, диалектное «прут» — рычаг, багор. Отсюда и прозвище Прутник — человек, который работает с таким инструментом: рыбак, бурлак, плотогон, либо тот, кто изготавливает прутья, жерди для строительства или плетня. Прозвище было широко распространено в северных и центральных губерниях России, где сплав леса и рыболовство требовали багров и шестов.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ник указывает на профессию или занятие (сравните: охотник, сапожник, плотник), а затем к основе Прутник прибавился патронимический суффикс -ов, превратив отчество в фамилию. То есть Прутников буквально означает «сын Прутника» или «из рода Прутниковых».

Есть и вторая, более спорная версия, которую приводят некоторые ономасты: связь с топонимом Прут (река или населённый пункт). В этом случае Прутников — выходец с берегов реки Прут или из села Прутское. Гипотеза слабая, так как фамилия распространена в основном на Русском Севере и в Поволжье, а не на юго-западе, где протекает Прут. Более того, суффикс -ник в топонимических фамилиях встречается реже и обычно даёт форму Прутский, а не Прутников.

В дореволюционных переписях фамилия Прутников встречается у крестьян и мещан, особенно в Вятской, Пермской и Костромской губерниях. Там прутниками называли мастеров, вязавших плоты и управлявших ими на сплаве, — опасная и уважаемая работа. Так что, скорее всего, предки носителя фамилии были людьми, чья жизнь была тесно связана с рекой и лесом, а не с каким-то мифическим «прутом».