Фамилия Прутиков — наглядный пример того, как русская фамилия может родиться из прозвища, данного за внешность или поведение. В основе лежит слово «прут» — тонкая, гибкая ветка без листьев. Прутиком на Руси называли человека высокого, худого и прямого, как хворостина, или же, напротив, непослушного, «колючего», неуживчивого — того, кто гнётся, но не ломается. Такие прозвища были меткими и живучими, а суффикс -ов закрепил их в качестве родового имени: Прутиков — сын Прутика.

Модель образования типична для русских отпрозвищных фамилий: основа (Прутик-) плюс притяжательный суффикс -ов. Интересно, что в этом случае прозвище уже имело уменьшительный суффикс -ик, который придавал слову оттенок не столько «маленького прута», сколько насмешливо-ласкового именования человека. То есть Прутиком могли назвать не просто долговязого парня, а, скажем, парнишку-подростка, вертлявого и тонкого, как ветка.

Версия о происхождении от названия профессии — например, мастера, делавшего прутья для плетней или корзин, — менее вероятна. В ремесленной среде человека обычно называли по готовому изделию (Корзинников, Лозоплёт), а Прутик — это скорее бытовая характеристика. Встречается и гипотеза о связи с топонимом Прутки (такие деревни есть в Белоруссии и на Смоленщине), но для фамилии Прутиков она не основная: в этом случае мы бы чаще видели форму Прутков или Прутский.

В словарях русских фамилий Прутиков не относится к числу широко распространённых. Сравнение с однокоренными Прутковым и Прутским показывает разницу: Прутков — от прозвища Прут (без уменьшительного суффикса, более грубое), а Прутский — из названия реки Прут или местности. Прутиков же держится именно за личностную характеристику, и это делает фамилию «говорящей» в самом прямом смысле: предок носителя явно выделялся среди окружающих либо статью, либо характером.