Фамилия Прутцева — женская форма, мужской вариант — Прутцев. Это достаточно редкая фамилия, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы разобраться, нужно отбросить суффикс -ев и посмотреть на корень «Прутц-», которого нет в современном русском языке в качестве самостоятельного слова.

Самая вероятная версия связывает фамилию с географическим названием. Корень «Прут» известен по реке Прут, протекающей по территории Украины, Молдавии и Румынии. В таком случае основа «Прутц» могла возникнуть как вариант названия жителя с берегов этой реки — «прутчанин» или «прутец», где «ц» — результат чередования согласных (т/ц). Со временем форма «Прутец» могла упроститься до «Прутц», а затем к ней добавили типичный русский фамильный суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — Прутцев). То есть предок носителя фамилии мог быть выходцем с берегов Прута, и его прозвали Прутцем.

Вторая, менее распространённая гипотеза, отталкивается от прозвища. В некоторых говорах «прут» означал не только реку, но и тонкую ветку, хворостину. Однако образование «Прутцев» от «прут» через промежуточную форму «Прутец» («маленький прут») фонетически менее убедительно, так как конечное «ц» в фамилии нехарактерно для уменьшительных прозвищ от предметов (обычно говорят «Прутков»). Поэтому версия с рекой Прут выглядит предпочтительнее.

Интересно, что фамилия Прутцев почти не встречается в центральных областях России, её очаги чаще фиксируют на юге и юго-западе страны, что косвенно подтверждает связь с регионом реки Прут. В старых документах фамилия могла писаться через «о» — Прутцов, что отражает акающее произношение, но вариант с «е» закрепился как нормативный. Таким образом, Прутцевы — это, скорее всего, потомки человека, чей род происходил с пограничных земель у реки Прут, и прозвище закрепилось за ним как указание на место жительства.