Фамилия Прутцкова представляет собой фонетический вариант фамилии Прутскова, которая ведёт начало от прозвища Прутской. Скорее всего, Прутским прозвали выходца с берегов реки Прут (левого притока Дуная), протекающей на Украине, в Молдавии и Румынии. Существует по меньшей мерен две точки зрения, касающиеся происходения названия Прут. Некоторые историки (в том числе знаменитый историк V века Геродот) возводят название Прут к славянскому существительному «брод». Другие исследователи, поддерживая версию об иранском происхождении названия, предлагают иную основу — со значением «брызжущая, бьющая ключом». Река Прут весьма знаменита со времен русско-турецкой войны 1710-1713 годов, когда царь Петр I предпринял неудачный Прутский поход, завершившийся для него подписанием Прутского мира (1711 год). В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Прутской, со временем получил фамилию Прутцкова.