Фамилия Пшонкин образована от личного прозвища Пшонка и относится к распространенному типу русских фамилий. В основе прозвища лежит украинское слово «пшоно» — крупа из проса, а само слово родственно русскому «пшено». Так могли прозвать человека со светлыми, «пшеничными» волосами — эта версия выглядит наиболее правдоподобной, поскольку прозвища по цвету волос на Руси давали часто. Однако не стоит сбрасывать со счетов и другие варианты: прозвище Пшонка мог получить торговец зерном, крестьянин, выращивавший просо, или просто любитель пшенной каши. В этом случае фамилия указывала бы на род занятий или вкусовые пристрастия предка.

Словообразовательная модель здесь простая и типичная для русских фамилий: к прозвищу на -а добавили суффикс -ин, который указывает на принадлежность. Пшонкин буквально означает «сын Пшонки», «тот, кто из рода Пшонки». Такая модель широко распространена в северных и центральных русских говорах, где прозвища с окончанием на -а были особенно популярны. Интересно, что параллельно существовала и форма Пшонков, образованная по другой модели, но именно вариант Пшонкин закрепился в обиходе.

О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно: процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий. Ясно одно — фамилия имеет народные корни и не связана с дворянскими родами или служилым сословием. Ее носителями, скорее всего, были крестьяне или посадские люди. Сегодня фамилия встречается нечасто, но это не делает ее менее ценной: она сохранила в себе живое народное слово и бытовую культуру славян.