Фамилия Пуденко — характерный пример украинской модели фамилий на -енко, которая в XVII–XVIII веках стала массово обозначать потомка по отцу (буквально «маленький Пуд» или «сын Пуда»). В этой системе суффикс -енко играл ту же роль, что русские -ов/-ев или -ин, но закрепился именно в украинской антропонимии и оттуда распространился на южнорусские земли. Пуденко — значит «чей-то сын» или «потомок», а основа фамилии — личное имя Пуд.

Имя Пуд — редкое, но вполне реальное каноническое имя, которое попало в святцы из латинского pudens — «стыдливый, скромный». В православной традиции оно встречалось нечасто, но не было единичным: в старых метрических книгах можно найти записи о крещении с именем Пуд, особенно на территориях современной Украины и юга России. Соответственно, Пуденко — это «сын Пуда», и фамилия указывает на то, что основатель рода носил это имя.

Вторая версия, менее вероятная, связывает фамилию с прозвищем Пудо — от диалектного «пудовый» (тяжёлый, крупный) или от меры веса «пуд». В таком случае прозвище мог получить полный, грузный человек. Однако против этой гипотезы говорит то, что суффикс -енко в украинской традиции почти всегда присоединялся к личным именам, а не к нарицательным словам или прозвищам. Гораздо чаще встречаются фамилии Пудов, Пудин — они как раз образованы от прозвища или имени с помощью русских суффиксов, а Пуденко чётко держится имени.

Географически фамилия Пуденко гуще всего распространена в центральных и восточных областях Украины — Черкасской, Полтавской, Кировоградской, а также в приграничных регионах России. Это указывает на казацкие или крестьянские корни: носители фамилии, скорее всего, были потомками реестровых казаков или свободных земледельцев, которые в XVIII–XIX веках закрепили за собой фамилию по отцу. Сословная принадлежность у Пуденко — преимущественно непривилегированная, без признаков дворянства, что типично для этой словообразовательной модели.

Интересная деталь: в некоторых старых записях фамилия могла писаться как Пуденко, Пуденков или даже Пуденко-Пудов, что отражает двойную адаптацию — украинскую основу и попытку русифицировать окончание при переселении в великорусские губернии. Но основная форма осталась именно на -енко, сохранив южнорусский колорит.