Фамилия Пудуков — редкий случай, когда основа почти наверняка не славянская, а тюркская или монгольская, и это определяет всё её происхождение. Суффикс -ов указывает на стандартную русскую модель образования: так оформляли фамилии от прозвищ или имён отцов, но корень здесь иноязычный.

Самая вероятная версия связывает фамилию с тюркским словом «буду» или «пуду» — «олень». В тюркских языках (особенно в казахском, башкирском, татарском) слово «буғы» (богу) означает оленя, а форма «пуду» могла быть диалектным или фонетическим вариантом, записанным русскими писцами. Прозвище Пудук могли дать охотнику, следопыту или человеку, чем-то напоминавшему оленя — быстротой, пугливостью, стройностью. Соответственно, Пудуков — «сын Пудука», то есть потомок человека с таким прозвищем.

Есть и менее распространённая гипотеза: Пудуков могло произойти от калмыцкого «буд» — «рис», но такая основа встречается редко и обычно даёт фамилии вроде Будов, а не Пудуков. Скорее всего, начальное «п» появилось в результате оглушения звонкого «б» в русской среде: Будук → Пудук, что типично для заимствованных слов.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и Южному Уралу — регионам, где веками жили тюркские народы. Встречается она и у русских, и у татар, и у башкир, что подтверждает её «пограничное» происхождение: человек мог получить фамилию в эпоху, когда русские и тюркские культуры активно смешивались.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Пудаков, Будуков, Будукин — показывает, что корень «пудук»/«будук» не был широко распространён. Это значит, что фамилия не массовая, а скорее локальная, возникшая в одном селе или роде. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) Пудуков отсутствует, что подтверждает её нерусское происхождение и относительную редкость.