Фамилия Пудукова — женская форма мужской фамилии Пудуков. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Пудук. Слово это редкое, и его значение напрямую связано с диалектной лексикой. В южнорусских и украинских говорах «пудук» или «пудик» — это индюк, индюшонок. Соответственно, прозвище Пудук могли дать человеку за внешнее сходство с этой птицей (например, за важную походку или надутый вид) либо за манеру поведения.

Модель образования типична для русских фамилий: к основе на твёрдый согласный (Пудук) добавляется суффикс -ов, указывающий на принадлежность («сын Пудука»). Пудуковы, таким образом, — потомки человека по прозвищу Пудук. Фамилия встречается в основном в регионах, граничащих с Украиной: в Курской, Белгородской, Воронежской областях, а также на Кубани, что подтверждает её южнорусское происхождение.

Менее вероятная, но возможная версия связывает основу с тюркскими языками. В некоторых тюркских наречиях «пудук» (или «будук») означает «сучок», «ветка» — такое прозвище могло относиться к невысокому или коренастому человеку. Однако в русской ономастике примеров перехода тюркского «будук» в «пудук» мало, и птичья версия выглядит убедительнее из-за живучести прозвищ по названиям домашних животных и птиц.

Сравните с однокоренными фамилиями: Индюков, Индюшкин, Пудиков. Последняя, кстати, могла возникнуть из того же источника, но с уменьшительным суффиксом -ик. Пудукова же сохранила более архаичную, полную форму прозвища, что делает её ценной для диалектологов — она фиксирует слово, почти ушедшее из живого обихода.