Фамилия Пудина образована от личного прозвища, и здесь сталкиваются две версии происхождения. Более убедительная связывает её с украинским словом «пуд» — страх, испуг. В этом случае прозвище Пудий могли дать человеку, который либо любил пугать окружающих, либо, напротив, сам отличался робким и пугливым нравом. Такая модель — называть человека по внутреннему качеству, а не по внешности или профессии — встречается в славянской антропонимии повсеместно.

С той же основой связано и так называемое «охранительное» имя Пудий. В старину родители намеренно давали детям имена с негативным оттенком — Пуга, Некрас, Злоба, — чтобы отвести от ребёнка злые силы. Считалось, что имя-оберег, означающее страх или пугливость, сделает дитя незаметным для нечисти. В этом случае фамилия Пудина сохранила след древнего суеверия, а не профессионального прозвища.

Менее правдоподобная версия выводит фамилию от прозвища Пудя, связанного с «пудовкой» — кадушкой для измерения сыпучих тел. Тогда прозвище указывало бы на ремесло: бондаря, делавшего такие кадушки, или пудовщика — весового сторожа, собиравшего пошлины за взвешивание товара. Однако эта гипотеза слабее: она требует допустить, что суффикс -ина в фамилии присоединился к основе Пудя, тогда как более естественный вариант от такого прозвища звучал бы как Пудьин или Пудкин. Украинский след с «пудом» в значении «страх» объясняет форму Пудина без дополнительных натяжек.

Суффикс -ина в русских фамилиях указывает на принадлежность: Пудина — «дочь или жена Пудия». Такая модель типична для северных и некоторых центральных регионов России, где фамилии на -ин широко распространены. В украинской среде, откуда, вероятно, пришло само прозвище, аналогично строятся фамилии вроде Пудиченко или Пуденко, но форма Пудина закрепилась именно в русском языке.

Итоговая картина такая: в основе фамилии лежит прозвище Пудий, восходящее к украинскому «пуд» — страх. Потомок человека с таким прозвищем получил фамилию Пудина, и сегодня она несёт память либо о пугливом предке, либо о родителях, которые нарекли его охранительным именем, чтобы уберечь от бед.