Фамилия Пугачёа — редкий случай, когда написание расходится с ожидаемым, и это первая подсказка. Если бы фамилия оканчивалась на -ёв, она бы строилась по стандартной модели: от прозвища Пугач через суффикс -ёв (фонетический вариант -ев после шипящих под ударением). Но окончание -а превращает её в «окающую» или диалектную форму, застывшую в именительном падеже. Такие фамилии на -а (типа Шевченко, Голова, Плохий) характерны для украинской, белорусской и южнорусской традиции, где прозвище могло перейти в фамилию без дополнительного суффикса.

Основа — Пугач. В русских говорах пугачом называли филина или сову: птицу, которая пугает своим криком и внезапным появлением. Прозвище Пугач давали либо человеку с большими, круглыми глазами, либо тому, кто любил внезапно напугать, либо просто хмурому и нелюдимому. Второе значение — пугач как орудие для отпугивания, например, трещотка или самодельное ружьё. В некоторых регионах так звали пастуха, который носил с собой пугач (бич с грузом на конце) для управления скотом.

Спор о происхождении фамилии часто упирается в знаменитого бунтаря Емельяна Пугачёва. Но его фамилия — классическая русская на -ёв, а форма Пугачёа — скорее всего, южнорусский или украинский вариант. В документах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне и казаки с прозвищем Пугач, и фамилия Пугачёа могла закрепиться именно в тех краях, где на письме не ставили точки над «ё», а окончание произносили как «а» — в украинском и некоторых южных говорах это норма.

Социальный контекст: фамилия недворянская. Ни в одном гербовнике Пугачёвы не значатся, а форма на -а тем более указывает на крестьянское или казачье происхождение. Предки носителя фамилии Пугачёа — скорее всего, вольные или крепостные хлебопашцы, пастухи или охотники, получившие прозвище за внешность или повадки. Географически фамилия тяготеет к регионам, где «акают» или «окают» с мягким окончанием: Курская, Воронежская области, а также юг Украины.