Фамилия Пугаченкова — женская форма, а её мужской вариант — Пугаченков. В основе фамилии лежит прозвище или нецерковное имя Пугач, а точнее — его производная форма Пугаченко. Такая цепочка словообразования типична для южнорусских и украинских земель, где суффикс -енко обозначал «сын» или «потомок»: Пугаченко — сын Пугача. А фамилия Пугаченков — это уже русифицированная версия, появившаяся при переселении носителей в великорусские губернии или при адаптации фамилии в официальных документах (добавление типичного русского суффикса -ов).

Корень «пугач» в славянских говорах многозначен. В первую очередь, это пугало, чучело на огороде, которым отпугивали птиц. Но так же называли человека, который любил пугать, шутить страшными историями или, наоборот, был пугливым, боязливым. В некоторых диалектах «пугач» — это филин или сыч, птица, чей крик считался недобрым предзнаменованием. Прозвище Пугач могли дать и тому, кто имел привычку кричать или выглядел нахохлившимся, как ночная птица.

Интересно, что фамилия Пугаченков не имеет прямого отношения к Емельяну Пугачёву. Фамилия Пугачёв образована от той же основы (пугач), но с другим суффиксом — -ёв. Пугаченков же связан с украинским вариантом Пугаченко, что указывает на иной ареал происхождения — скорее всего, Черниговщина, Полтавщина или Слобожанщина. В XIX веке носители фамилии активно расселялись по югу России, в том числе на Дон и Кубань.

Таким образом, предок современного носителя фамилии Пугаченков — человек, которого в своей среде прозвали Пугачом. Скорее всего, он жил на территории современной Украины или юга России, а его потомки, переходя на русскую фамильную модель, закрепили за собой форму Пугаченков.