Фамилия Пухнюк — яркий пример украинской модели фамилии, где суффикс -юк указывает на «малого» или «сына». В украинской ономастике это один из самых распространённых патронимических суффиксов, как -енко на востоке или -ук/-чук на западе. Пухнюк — это буквально «сын Пухна» или «потомок человека по прозвищу Пухно». Само прозвище Пухно, скорее всего, образовано от слова «пух» — мягкий, лёгкий, невесомый. Вряд ли речь идёт о прямом значении птичьего пуха; в народной речи «пухом» могли называть человека тучного, рыхлого, с мягким телом, а также — в ироничном ключе — того, кто любит нежиться или ленив. В некоторых говорах «пухнатый» означало «толстый, одутловатый».

Вторая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование, — связь с глаголом «пухнуть» (опухать, набухать). Так могли прозвать человека с болезненной отёчностью или того, кто быстро полнел. Однако в основе фамилии лежит именно уменьшительно-ласкательная или прозвищная форма, а не прямое описание физического недостатка — иначе суффикс был бы иным.

Географически фамилия Пухнюк тяготеет к западным и центральным областям Украины — Волыни, Подолью, Киевщине. В России она встречается редко, обычно как следствие переселения украинцев в XVIII–XIX веках на Кубань или в Сибирь. В польских метриках XVI–XVII веков можно найти схожие фамилии (Puchniuk, Puchno), что подтверждает древность прозвищной основы.

С точки зрения сословной принадлежности, Пухнюки — это крестьянские или казачьи роды. Фамилия не дворянская, не книжная; её носители — люди, которых в сельской общине знали по личной характеристике. Интересно, что в некоторых регионах фамилия могла закрепиться за целым родом, где прозвище Пухно стало родовым именем, а потом уже — наследственной фамилией для сыновей и внуков.