Фамилия Пухта — редкий случай, когда прозвище превратилось в фамилию почти без изменений, без привычных русских суффиксов -ов или -ин. В этом её главная особенность: она застыла в форме, в которой её дали первому носителю.

Скорее всего, в основе лежит диалектное слово «пухта». В северных и сибирских говорах так называли мелкий, рыхлый снег, порошу, а также густой кустарник или заросли. Прозвище Пухта могли дать человеку с очень светлыми, «пушистыми» волосами, медлительному и мягкому по характеру или тому, кто жил в глухой, заросшей местности. Вторая версия — звукоподражательная: «пухтать» в некоторых говорах означало тяжело дышать, пыхтеть. Тогда прозвище закрепилось бы за тучным или запыхавшимся человеком.

Есть и другая, более редкая гипотеза. Пухта — это искажённое немецкое Bucht (бухта) или польское puchta (вид кнута). Но для русской почвы эти корни маловероятны: фамилия встречается в основном на Русском Севере и в Сибири, куда немецкое слово попасть почти не могло, а польское — вряд ли закрепилось бы без суффикса.

С точки зрения словообразования, Пухта — это «окаменевшее» прозвище в именительном падеже. Такие фамилии (сравните: Шуба, Губа, Кочка) характерны для украинской и белорусской традиции, но встречаются и в русской среде, особенно если носитель был выходцем из простонародья, где фамилии часто записывали «как слышали», без переделки.

О точной географии фамилии данных мало. По косвенным признакам, Пухта — не дворянская и не купеческая, а крестьянская или мещанская. В дореволюционных переписях она могла фиксироваться как Пухтин, но вариант без суффикса — более архаичный и редкий.