Фамилия Пупка — редкий случай, когда основа настолько прозрачна, что кажется простой, но на деле ставит больше вопросов, чем ответов. Главная загадка: от какого именно слова пошло прозвище? Варианта два, и оба выглядят логично.

Первый и самый очевидный — от слова «пупок». В древнерусском языке «пуп», «пупок» означал не только часть тела, но и центр, середину, «пуп земли». Прозвище Пупок в старину давали либо человеку с заметным, выпирающим животом, либо, в переносном смысле, тому, кто считался главным в семье или общине — «пупом» всего дела. Фамилия Пупка — это краткая форма, которая закрепилась в разговорной речи вместо полной Пупков, и в этом её особенность. Такая модель встречается в украинской и южнорусской традиции, где фамилии на -а, -о нередко усекали суффикс.

Второй вариант — от имени или прозвища Пуп, которое могло возникнуть независимо. В славянских говорах «пупа» — это ещё и почка растения, а также выпуклость, шишка. Человек с такой внешней приметой (родинка, шишка на теле) тоже мог получить прозвище Пупко или Пупка. Сравните с фамилиями Пупов, Пупин — все они одного корня, но Пупка стоит особняком из-за акающего окончания.

Географически фамилия тяготеет к западнорусским и украинским землям. В польском языке есть слово «pępek» (пупок), и фамилия Pępka встречается в исторических записях Речи Посполитой. Не исключено, что часть носителей Пупка — потомки переселенцев с запада, где фамилия писалась через «е» или «ę», а на русской почве упростилась до «у».

Сословной привязки у фамилии нет: Пупкой могли записать и крестьянина, и мещанина. Ударение, скорее всего, на первый слог — П́упка, хотя в некоторых говорах встречается и Пупќа. Известных исторических деятелей с этой фамилией не зафиксировано, что только подтверждает её народное, недворянское происхождение.