Фамилия Пупкинсон — редкий для России случай, когда фамилия образована по немецкой или еврейской (ашкеназской) модели, но от исконно русского корня. Суффикс -сон (от нем. Sohn или идиш зун) означает «сын». То есть Пупкинсон — дословно «сын Пупкина». В русской среде такая модель нехарактерна: наши фамилии обычно заканчиваются на -ов, -ин, -ский. Поэтому носитель этой фамилии почти наверняка — потомок выходца из черты оседлости, где в XIX веке при присвоении фамилий еврейскому населению часто использовали немецкие суффиксы, или же немецкого колониста, обрусевшего и взявшего в основу местное прозвище.

Сама основа — Пупкин — происходит от слова «пупок». В русском языке это не только часть тела, но и прозвище: так могли назвать младшего ребёнка, пухлого человека или того, кто ходил с непокрытым пузом (в некоторых говорах «пупок» — «живот»). В ономастике встречаются и более прозаичные версии: «пуп» иногда называли место в печи, куда ставили горшки, так что прозвище могло достаться печнику или гончару. Однако для фамилии Пупкинсон, скорее всего, взято не ремесло, а личное прозвище — по внешности или положению в семье.

Самый близкий аналог — фамилия Пупкин, довольно частая в России. Пупкинсон же — её «сыновняя» калька. Если Пупкин — это «чей-то сын Пупка», то Пупкинсон — буквально «сын того самого Пупкина», то есть внук Пупка. Такая двойная ступень встречается редко и указывает на то, что фамилию давали не сразу, а через поколение, уже в условиях, когда требовалась фамилия по отцу (Пупкину), а не по деду.

Географически фамилия почти не встречается в центральных областях России. Её можно найти в архивах западных губерний (Беларусь, Украина, Прибалтика) или у потомков эмигрантов, которые русифицировали написание, но сохранили немецкий суффикс. В современной России носителей единицы — это скорее исключение, чем правило.

По сословной принадлежности предки Пупкинсонов, скорее всего, были мещанами или ремесленниками. Дворянство такую фамилию не носило: суффикс -сон и основа «пупок» для аристократической среды звучали бы чересчур простонародно.