Фамилия Пупликов — редкий случай, когда основа, скорее всего, не славянская, а заимствованная. Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования, а вот корень «пуплик» в русском языке не встречается. Самая вероятная версия: фамилия восходит к немецкому слову «Puppe» (кукла) или его производным, например, «Püppchen» (куколка). В южнонемецких диалектах существовало прозвище «Puppel» или «Püppel» — так могли называть маленького, хрупкого человека, либо, наоборот, щеголя, любившего наряжаться. В России такие прозвища нередко давали мастерам-игрушечникам или выходцам из немецких слобод, которые селились в городах с XVIII века.

Менее убедительная версия связывает фамилию с диалектным глаголом «пуплить» (надувать, пузыриться), но в говорах он фиксируется редко, и производное «пуплик» от него неочевидно. Также существует гипотеза об искажении греческого имени «Ипполит» (распускающий коней) через народную форму «Пуплит», но это уже домысел: цепочка «Ипполит → Пуплит → Пупликов» не подкреплена документальными записями.

Фамилия крайне редкая: по современным данным, основная масса носителей сосредоточена на юге России, в Ростовской области и Краснодарском крае. Это косвенно подтверждает версию о немецком корне — именно в этих регионах в XIX веке существовали крупные немецкие колонии. Встречаются и единичные случаи бытования фамилии на Украине, что тоже вписывается в ареал расселения меннонитов и ремесленников из германских земель.

Словообразовательная модель проста: прозвище Пуплик (тот, кого так прозвали за внешность или занятие) + типичный русский патронимический суффикс -ов, означающий «сын Пуплика» или «принадлежащий Пуплику». Таким образом, Пупликов — это потомок человека, которого в округе называли Пупликом. Никакого отношения к слову «пуп» или «пупок» фамилия не имеет, несмотря на внешнее сходство.

В дореволюционных справочниках фамилия не фиксируется, что говорит о её позднем оформлении — скорее всего, она закрепилась в крестьянской или мещанской среде не раньше середины XIX века.