Фамилия Пущинский — редкий случай, когда географическая основа очевидна, а вот точное место — нет. Типичный «-ский» суффикс в русских фамилиях чаще всего указывает на дворянское происхождение или на связь с названием населённого пункта: поместья, села или города. В случае Пущинского это почти наверняка оттопонимическая фамилия, образованная от названия «Пущино» или «Пуща».

Корень «пущ-» восходит к древнерусскому слову «пуща» — густой, непроходимый лес, лесная чаща. Таких топонимов на территории бывшей Речи Посполитой, а позже и Российской империи, было немало: Беловежская пуща, Пуща-Водица под Киевом, несколько деревень Пущино в Подмосковье и на Смоленщине. Человек, получивший фамилию Пущинский, скорее всего, владел землёй в таком месте или происходил из деревни с этим названием. Модель «Пущинский» — типичная для польской шляхты и русских дворянских родов, где суффикс «-ский» прибавлялся к названию имения, чтобы подчеркнуть принадлежность к нему.

Интересно, что фамилия Пущинский существует бок о бок с более известной фамилией Пущин. Разница в суффиксе: «-ин» даёт фамилию от личного прозвища или имени (например, Пуща — прозвище лесного человека), а «-ский» — от места. Скорее всего, Пущинские — это отдельная ветвь, которая закрепила за собой географический вариант, возможно, чтобы отличаться от однофамильцев. В польской ономастике встречается вариант «Puszczyński» с тем же корнем, что указывает на возможное западнорусское или польское происхождение носителей.

Сословно фамилия Пущинский не обязательно принадлежала только дворянам. В XVIII–XIX веках «-ский» стали активно присваивать духовенству и даже крестьянам при переходе на фамилии, особенно в западных губерниях. Но для Пущинского исходная связь с поместьем или лесным урочищем остаётся самой сильной версией. Без конкретных генеалогических документов сказать, был ли предок мелкопоместным шляхтичем или священником из села Пущино, нельзя — но географический след очевиден.