Фамилия Пустогаров образована от прозвища Пустогар, которое восходит к словосочетанию «попусту гореть». Маловероятно, что прозвище связано с глаголом «гореть» в его прямом значении — «пламенеть, быть охваченным огнем». Скорее всего, прозвище связано с переносным значением — «пылко переживать, испытывать пламенные чувства». Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Пустогар, со временем получил фамилию Пустогаров.