Фамилия Пустошилов образована от прозвища Пустошило. Скорее всего, в его основе лежит глагол «пустошить», который имеет значение «опустошать, разорять». Вероятно, прозвище носило иронический характер и давалось с целью указать на недостатки, дурные привычки или поступки человека. Это дает основание полагать, что основатель рода Пустошиловых мог быть нечестным на руку дельцом, мошенником. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Пустошило, со временем получил фамилию Пустошилов.