Фамилия Пустоутов, вероятнее всего, является фонетическим вариантом фамилии Пустовойтов, которая восходит к прозвищу Пустовойт. Это именование, предположительно, произошло из словосочетания «пустой войт». Добавление в состав прозвища прилагательного, возможно, указывает на характеристику войта, даваемую жителями подвластных ему сел. В данном случае прозвище Пустовойт мог получить староста, владения которого были опустошены пожаром, голодом, эпидемией. Так и прозвище Пустоут закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Пустоутов. Так, в документах начала XX века упоминается Пустоутов Федор Васильевич (родился в 1916 году в Курской области).