Фамилия Путкарая — редкий случай, когда географический и языковой следы прослеживаются почти однозначно. Она образована по грузинской модели: суффикс -ая (в русской передаче) восходит к грузинскому окончанию -иа, которое типично для западно-грузинских фамилий (например, Гулиа, Бериа, Данелия). Основа Путкар- в грузинском языке имеет прозрачную этимологию: путкари (ფუტკარი) означает «пчела». Таким образом, Путкарая — это фамилия, исходно означавшая «пчелиный», «пчеловод» или «тот, кто связан с пчёлами».

В грузинской ономастике фамилии на -иа часто указывали на профессию или характерное занятие предка. Пчеловодство было развито в Грузии с древности, особенно в горных районах (Сванетия, Рача, Имеретия), где мёд и воск были ценным товаром. Вероятно, первый носитель фамилии занимался содержанием пчёл или жил в местности, известной пасеками. В русском языке окончание -ая закрепилось при адаптации: грузинское «Путкариа» превратилось в «Путкарая» по аналогии с русскими прилагательными (типа «борзая»), хотя по происхождению это не прилагательное, а фамилия-существительное.

Фамилия крайне редкая. Встречается в основном на юге России и в Краснодарском крае, что типично для грузинских фамилий, появившихся у русских после переселения в XIX–XX веках. В Грузии её носители сосредоточены в Западной Грузии, особенно в регионе Самегрело-Верхняя Сванетия. Спорных версий происхождения практически нет: грузинский корень и суффикс очевидны, а попытки связать фамилию с тюркскими или иранскими основами не выдерживают критики — ни «пут», ни «кар» в этих языках не дают связного значения.

Интересная деталь: в грузинском языке есть родственные фамилии — Путкарадзе (с патронимическим суффиксом -дзе) и Путкаришвили (с суффиксом -швили). Путкарая стоит в том же смысловом ряду, но указывает не на «сына пчеловода», а на самого носителя профессии или прозвища. В русской среде фамилия иногда искажалась: в документах XIX века можно встретить варианты «Путкарей», «Путкаров» — но это ошибки писарей, не знавших грузинской грамматики. Современное написание устойчиво.