Фамилия Путняя — одна из тех, что сразу обращает на себя внимание окончанием. В русской традиции фамилии на -яя почти всегда женские, но в данном случае перед нами исключение: Путняя — это исходная мужская форма, образованная по модели прилагательного. Такая модель характерна для южнорусских и украинских говоров, где фамилии могли застывать в форме именительного падежа женского рода, не меняясь по полу носителя. Сравните: Толстая, Кривая, Рябая — все они могут принадлежать и мужчинам.

В основе фамилии лежит прилагательное «путний» или «путная». В диалектах русского языка оно имело несколько значений. Самое распространённое — «дельный, толковый, хороший». Путним человеком называли того, кто годен к делу, надёжен, не пустой. В этом случае фамилия Путняя — прозвище по характеру или репутации: так могли прозвать расторопного хозяина или умелого мастера. В некоторых говорах «путный» означало ещё и «настоящий, подлинный», что усиливало положительный оттенок.

Вторая, менее очевидная версия, отсылает к дороге. «Путь» — корень тот же. В северных говорах «путник» — это не только путешественник, но и проводник или человек, знающий дороги. Прозвище Путняя мог получить ямщик, купец, бывалый странник или тот, кто жил у большой дороги. Однако эта гипотеза слабее: прилагательное «путний» в значении «дорожный» почти не встречается в именованиях людей, а вот в значении «дельный» — сплошь и рядом.

Фамилия редкая, и её география узка. Основные следы ведут в украинское левобережье и юг России, особенно в бывшие области Войска Донского и Слобожанщину. Там окончание -яя встречается чаще, чем в центральной России. По переписям XIX века носители фамилии Путняя числились в основном среди крестьян и казаков, что согласуется с прозвищным происхождением: в среде, где ценилась практическая сметка, прозвище «путний» было понятным и уважительным.

Словообразовательно фамилия стоит особняком. В отличие от массовых фамилий на -ов/-ев, она не указывает на принадлежность отцу (чей?), а описывает самого человека. Это архаичная модель, которая в центральных губерниях к XIX веку почти вытеснилась, но сохранилась на окраинах. Поэтому Путняя — не просто фамилия, а живой след старой русской антропонимической системы, где прозвище могло стать родовым именем без всяких суффиксов.