Фамилия Пырлина — женская форма от Пырлин, а та, в свою очередь, образована от прозвища или нецерковного имени Пырля. Главная загадка здесь — корень «пыр-», который не связан с глаголом «пырять» (тыкать, колоть) в его современном бытовом значении. В русских говорах слово «пыря» или «пырка» имело несколько значений: так могли называть бодливую корову, а в переносном смысле — задиристого, неуживчивого человека. Вероятнее всего, прозвище Пырля дали либо человеку с крутым нравом, который «лез в драку», либо тому, кто работал с чем-то острым — например, портному или сапожнику.

Модель образования типична для северных и центральных областей России: суффикс -ин указывает на принадлежность «чей?» — Пырлин, то есть сын или потомок Пырли. Фамилия встречается преимущественно в Вологодской, Архангельской и Кировской областях — регионах, где диалектная лексика сохранилась лучше всего. В писцовых книгах XVI–XVII веков можно найти крестьян с прозвищем Пыря, что подтверждает народное, а не церковное происхождение фамилии.

Есть и менее очевидная версия: в некоторых говорах «пырло» означало «свиное рыло» или «пятачок» — отсюда прозвище мог получить человек с крупным или вздёрнутым носом. Однако эта гипотеза уступает первой по распространённости: в ономастических словарях (например, у Б. Унбегауна) фамилии на -ыря/-ыра чаще связывают с характером, а не с внешностью.

Написание через «ы» — не случайность: в древнерусском языке после твёрдых согласных звук [и] передавался буквой «ы», что и закрепилось в фамилии. Однофамильцы с ударением на первый слог (Пы́рлина) и на второй (Пырли́на) могут указывать на разные ветви рода, но корень остаётся тем же.