Фамилия Пыршенков образована от прозвища или нецерковного имени Пырша. Основа слова восходит к глаголу «пырять» — в русских говорах это означает «колоть, бодать, тыкать». Прозвище Пырша могли дать человеку с резким, колким характером, любящему вставлять острые замечания, либо тому, кто работал с колющими инструментами — например, бондарю или сапожнику. Есть и вторая, менее распространённая версия: в некоторых диалектах «пырша» называли маленького, юркого человека — от «пыркать» (вертеться, суетиться).

Суффикс -енков указывает на северо-западное, в первую очередь смоленское или псковское происхождение фамилии. В этих краях патронимическая модель на -енков была типичной для XVII–XVIII веков: она означала «сын Пырши», то есть Пыршенок, а со временем закрепилась в форме Пыршенков. В центральной России чаще использовали бы суффикс -ин (Пыршин), а на юге — -енко (Пыршенко). Таким образом, географически фамилия привязана к зоне, где смешивались белорусские и великорусские говоры.

Фамилия редкая, в современных справочниках массово не встречается. Это говорит о том, что родоначальник был, скорее всего, крестьянином или ремесленником из небольшой местности, и фамилия не распространилась широко за пределы одного-двух уездов. В дореволюционных переписях Пыршенковы могли фиксироваться в Смоленской губернии, а также в прилегающих районах Тверской и Псковской губерний.

Однокоренные фамилии — Пыршин, Пыршов, Пыряев, Пырин. Но Пыршенков выделяется именно суффиксом: он показывает не просто принадлежность к роду, а конкретно «младшего» в семье, что типично для фамилий, возникших в период, когда отчества только начинали переходить в наследственные именования.