Фамилия «Работаю» — редчайший случай в русской антропонимии. Сразу бросается в глаза её глагольная форма в первом лице единственного числа, что для русских фамилий совершенно нетипично. Основная масса фамилий образована от притяжательных прилагательных (Иванов — сын Ивана) или от прозвищ в именительном падеже (Кузнецов — сын кузнеца). Форма «Работаю» выбивается из этой системы, и это ключ к её происхождению.

Скорее всего, перед нами не исконно русская, а искусственная фамилия, возникшая в среде духовенства. В семинариях XVIII–XIX веков будущим священникам нередко давали «говорящие» фамилии, образованные от значимых слов или даже целых фраз на латыни, греческом или церковнославянском языке. «Работаю» могло стать калькой с латинского «Laboro» или греческого «Ἐργάζομαι» (Эргазомай) — то есть «тружусь», «делаю дело». Такую фамилию мог получить выпускник, которого хотели настроить на трудолюбие или отметить его усердие в учёбе.

Вторая, менее вероятная версия, — что фамилия возникла из прозвища. В русских говорах глагол «работать» имел и переносные значения: «делать что-то с трудом», «маяться», «быть в услужении». Человека, который постоянно был занят тяжёлой работой или, наоборот, чрезмерно жаловался на неё, могли в шутку называть «Работаю». Но от прозвища в такой грамматической форме обычно образовывали фамилию с суффиксом -ов (Работаев), а не оставляли в неизменном виде. Поэтому версия с семинарским происхождением выглядит убедительнее.

Фамилия настолько редкая, что её почти нет в исторических переписях и справочниках. Встречается она единично, в основном в центральных регионах России. Носители такой фамилии, скорее всего, потомки людей, получивших её при поступлении в духовное училище. Никаких древних боярских родов или крестьянских династий с ней не связано — это поздняя, книжная фамилия, которая сохранилась благодаря своей необычности.