Фамилия Рапита настолько редкая, что её происхождение приходится восстанавливать по косвенным данным, и здесь есть интрига. В русском ономастиконе она почти не встречается, а значит, её корни, скорее всего, не в центральной России, а на южных или западных окраинах, где фамилии часто образовывались не по шаблону «Иван — Иванов».

Первое, что бросается в глаза — окончание на -а. Для русских фамилий это нетипично, если только это не украинская, белорусская или молдавская модель. В украинском и белорусском языках фамилии на -ита (-ито) встречаются чаще, и они часто указывают на прозвище, а не на отчество. Основа «Рап-» может быть связана с глаголом «рапать» (в некоторых говорах — «хватать, брать» или «работать небрежно»), либо с диалектным словом «рапа» — так в южных регионах иногда называли быструю, резкую женщину или, наоборот, неряху. Прозвище Рапита могли дать человеку с хватким характером или неаккуратному в делах.

Есть и другая, более прозаичная версия. В польском языке «rapić» означает «спешить, торопиться», а «rapita» могло быть прозвищем для торопыги. Учитывая, что фамилии с суффиксом -ита характерны для Подляшья и Волыни, можно предположить, что предок носителя фамилии был из тех краёв. Суффикс -ит- в данном случае не уменьшительный, а скорее прозвищный, как в фамилиях Маркита или Кривопита. Примечательно, что в России фамилия Рапита почти не зафиксирована в дореволюционных метрических книгах — это косвенно подтверждает её «невеликорусское» происхождение. Если искать однокоренные, можно вспомнить фамилию Рапацкий, но это уже совсем другая история.

Сословная принадлежность предков остаётся загадкой, но скорее всего они были крестьянами или мещанами — дворянские фамилии с таким корнем в гербовниках не значатся. Географически фамилия может «всплывать» в современных записях на западе Украины или в Беларуси, а в России — в Краснодарском крае, куда переселенцы принесли свои прозвища. В любом случае, фамилия Рапита — редкий случай, когда словообразовательная модель указывает на то, что предка прозвали за его действие или черту, а не по имени отца.