Фамилия Ратунин образована от прозвища Ратуня («воин, солдат, ополченец»), в основе которого лежит украинский глагол «ратувати» - «воевать, бороться». Согласно другой, менее правдоподобной версии, фамилия Ратунин происходит от кавказского слова «раттуни» - «кишка». Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Ратуня, со временем получил фамилию Ратунин.