Фамилия Ребекин образована по редкой для русского языка модели — с помощью суффикса -ин от основы Ребека. В русском ономастиконе фамилии на -ин обычно возникали от слов, оканчивающихся на -а/-я (Петров — Петухов, но Иванов — Ильин). Здесь же основа — Ребек- (женское имя Ревекка в народном произношении). Такая модель встречается, но нечасто: например, фамилия Ребецкий или Ребров имеет другую природу.

Самая вероятная версия происхождения — от библейского имени Ревекка (в русской традиции — Ревекка, в разговорной речи — Ребека). Имя это древнееврейское, означает «связывающая», «опутывающая» или, по другой трактовке, «верёвка». В русской среде имя бытовало в крестьянской и мещанской среде, особенно в старообрядческих семьях, где часто давали ветхозаветные имена. Фамилия могла появиться как отчество: «чей? — Ребекин сын», то есть сын Ребекки. Обычно так называли детей, если мать была вдовой или играла главную роль в хозяйстве, либо если имя отца было неудобным для образования фамилии.

Менее вероятная, но возможная версия — от прозвища Ребека. В южнорусских говорах «ребекать» означало «говорить быстро и невнятно», «тараторить». Человека с такой манерой речи могли прозвать Ребекой, а потом это прозвище закрепилось за его детьми. Однако эта версия слабее: прозвища на -ека обычно давались по внешности или поведению, но фамилия с суффиксом -ин от такого прозвища — редкость.

Географически фамилия Ребекин распространена в основном в центральных областях России (Тверская, Ярославская, Костромская) и на Урале. В XIX веке носители фамилии встречались среди государственных крестьян и мещан. Знатных или широко известных людей с этой фамилией в истории не зафиксировано — это редкая, локальная фамилия, сохранившая библейский след в народной среде.