Фамилия Ребекина — женская форма, а мужская, Ребекин, встречается значительно реже. В основе фамилии лежит нецерковное имя или прозвище Ребека. В русском языке это имя известно прежде всего как библейское — Ревекка (жена Исаака, мать Иакова и Исава). Однако форма Ребека могла возникнуть как народный, упрощённый вариант, либо как заимствование из западноевропейских языков (ср. английское Rebecca, немецкое Rebekka). В любом случае, имя это не было широко распространено на Руси, что делает фамилию довольно редкой.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Ребекин — «сын Ребеки», «из рода Ребеки». По модели образования фамилия типична для северных и центральных регионов России, где -ин активно конкурировал с -ов. Но здесь есть тонкость: если Ребека — женское имя, то фамилия могла означать «сын женщины по имени Ребека». В русской традиции фамилии от женских имён — редкость, но не исключение: известны случаи, когда прозвище давали по матери (вдове, солдатке) или по бабке. Впрочем, не исключено, что Ребека было мужским прозвищем, возможно, ироническим, данным за сходство с библейским персонажем или за пристрастие к чему-то «еврейскому» (в бытовом, не обязательно этническом смысле).

Ещё одна версия: фамилия могла возникнуть в среде еврейского населения Российской империи, где имя Ребека (Ривка) было обычным. В таком случае Ребекин — патроним, образованный по русской модели, что часто происходило при записи еврейских фамилий в канцеляриях XIX века. Однако если фамилия исконно русская, то её носители, скорее всего, происходят из тех мест, где библейские имена давали крестьянам в качестве нецерковных — такое встречалось в старообрядческой среде или в отдалённых губерниях.

Ономастические справочники (например, работы Б. Унбегауна) не выделяют Ребекина в отдельную статью, но модель с женским именем в основе подробно описана: фамилии типа Марин, Наталин, Катеринин — единичны, но существуют. Таким образом, Ребекина — пример редкой антропонимической конструкции, где за простым суффиксом скрывается либо библейская отсылка, либо необычная семейная история.