Фамилия Репенко почти наверняка связана с прозвищем Репень, которое когда-то дали основателю рода. В основе лежит слово «репа» — но не в прямом огородном смысле, а через народную кухню. Репнем в старых говорах называли и само растение, и, что важнее, кушанья из него: кашу из тертой репы с крупой, пирог с репой, репную похлебку. Такая еда была повседневной и сытной, но простой, поэтому прозвище, скорее всего, указывало на крестьянское происхождение и небогатый быт предка. Человек, получивший прозвище Репень, мог быть земледельцем, чей стол держался на репе, либо иметь к ней какое-то иное прямое отношение.

Есть и другая, менее вероятная версия. В диалектах встречался глагол «репенить» с двумя значениями: «браниться, ругаться» и «тараторить». Если следовать этой гипотезе, прозвище Репень получил человек с бойким языком — то ли сварливый, то ли говорливый. Однако эта трактовка уступает «репной»: она опирается на редкий, плохо засвидетельствованный глагол, тогда как связь с репой лежит на поверхности и подкрепляется обилием диалектных названий блюд.

Сама фамилия образована по типичной для украинских и южнорусских земель модели с суффиксом -енко. Первоначально такие фамилии означали «сын того-то» или «потомок такого-то»: Репенко — буквально «сын Репеня». Со временем прозвище, изначально присоединенное к наследственному имени, полностью заменило его и в повседневной жизни, и в официальных документах, закрепившись как родовое имя. Интересно, что эта модель не указывает на сословие или занятие напрямую — она лишь фиксирует родство, поэтому среди носителей фамилии могли быть и крестьяне, и казаки, и мещане.