Фамилия Рубашин образована от прозвища или нецерковного имени Рубаша. В основе лежит глагол «рубать» (рубить), а суффикс -аш- указывает на лицо по действию. Такая словообразовательная модель типична для древнерусских прозвищ: Рубаша — это тот, кто рубит, сечёт, будь то дровосек, мясник или воин с топором. В говорах «рубаша» могло означать и грубого, прямолинейного человека — «рубаху-парня», который режет правду-матку в глаза.

Фамильный суффикс -ин указывает на принадлежность: Рубашин — сын Рубаши. Это одна из самых распространённых моделей в северной и центральной России, где фамилии на -ин часто вытесняли южные формы на -ов. Встречается Рубашин преимущественно в Поволжье и на Урале — регионах, куда активно переселялись крестьяне из северных и центральных губерний в XVIII–XIX веках.

Стоит отличать Рубашина от более частых Рубанов и Рубахиных. Рубанов происходит от прозвища Рубан (человек с рубленым лицом или шрамом), а Рубахин — от слова «рубаха», то есть одежды. Рубашин же прямо отсылает к действию «рубить», и здесь возможна связь с плотницким или лесорубным ремеслом. В старых писцовых книгах встречаются крестьяне с именем Рубаша — например, в новгородских землях XVI века.

Исследователь русских фамилий Б. Унбегаун относил подобные формы к группе прозвищ, описывающих характер или занятие. Никакой связи с фамилией Рубашевский (польского или украинского происхождения) здесь нет — это разные корни и разная география.